在医院污水的处理过程中，设有传染病类的综合性医疗机构中的废水应该将传染病科室中的污水分开进行单独处理；若有不能分开的现象时，可纳入全院污水处理系统中，但是监测过程需要按照相应的要求去操作。在处理具有传染性医疗机构的废水时要求接触池出口的总余氯应在6.5～10mg/L之间，粪大肠菌群应≤100MPN/L，同时不能在其中检测出肠道致病菌和肠道病毒、以及结核菌等；而综合性的医疗机构废水处理的接触池出口排放标准要求，总余氯应在3～10mg/L之间，粪大肠菌群应≤500MPN/L，同样的不能在其中检测出肠道致病菌和肠道病毒、以及结核菌等；预处理过程中的标准则是总余氯应为2～8mg/L，粪大肠菌群应≤5000MPN/L。

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